Après les péripéties de "Baby Boss 2 : Une affaire de famille", Theodore Templeton est accusé de détournement de fonds. Obligé de réintégrer ses couches de Baby Boss, il emménage avec son frère Tim et ses deux nièces : la petite Tina, qui travaille avec lui chez Baby Corp, et sa grande sœur, la brillante Tabitha. Baby Boss et Tina codirigent une nouvelle équipe chargée d'augmenter l'amour des bébés, tout en empêchant un nouveau groupe d'ennemis jurés de détruire Baby Corp !